四川大学华西医院共24个国家住院医师规范化培训专业基地，其中8个为重点专业基地。具体见下表：
| 序号 | 专业目录 | 备注 |
| 1 | 内科 | 重点专业基地 |
| 2 | 急诊科 | 重点专业基地 |
| 3 | 皮肤科 | |
| 4 | 精神科 | 重点专业基地 |
| 5 | 神经内科 | |
| 6 | 全科 | 重点专业基地 |
| 7 | 康复医学科 | 重点专业基地 |
| 8 | 外科 | 重点专业基地 |
| 9 | 外科（神经外科方向） | |
| 10 | 外科（胸心外科方向） | |
| 11 | 外科（泌尿外科方向） | |
| 12 | 外科（整形外科方向） | |
| 13 | 骨科 | |
| 14 | 儿外科 | |
| 15 | 眼科 | |
| 16 | 耳鼻咽喉科 | |
| 17 | 麻醉科 | 重点专业基地 |
| 18 | 临床病理科 | 重点专业基地 |
| 19 | 检验医学科 | |
| 20 | 放射科 | |
| 21 | 超声医学科 | |
| 22 | 核医学科 | |
| 23 | 放射肿瘤科 | |
| 24 | 重症医学科 |
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