四川大学华西医院目前有29个省级专科基地，8个国家试点专科基地，具体见下表：
| 省级专科医师基地 | |
| 序号 | 名称 |
| 1 | 消化内科 |
| 2 | 内分泌代谢科 |
| 3 | 血液内科 |
| 4 | 肾脏内科 |
| 5 | 神经内科 |
| 6 | 感染科 |
| 7 | 风湿免疫科 |
| 8 | 骨科 |
| 9 | 心血管外科 |
| 10 | 胸外科 |
| 11 | 泌尿外科 |
| 12 | 烧伤整形科 |
| 13 | 小儿外科 |
| 14 | 耳鼻咽喉头颈外科 |
| 15 | 麻醉科（综合麻醉） |
| 16 | 心血管麻醉 |
| 17 | 疼痛医学科 |
| 18 | 急诊医学科 |
| 19 | 皮肤科 |
| 20 | 眼科 |
| 21 | 精神科 |
| 22 | 放射科 |
| 23 | 核医学科 |
| 24 | 超声科 |
| 25 | 临床病理科 |
| 26 | 检验科 |
| 27 | 肿瘤科 |
| 28 | 康复医学科 |
| 29 | 全科医学科 |
| 国家试点专科医师基地 | |
| 序号 | 名称 |
| 1 | 内科危重症医学 |
| 2 | 外科危重症医学 |
| 3 | 心血管病学 |
| 4 | 神经外科学 |
| 5 | 呼吸与危重症医学 |
| 6 | 内科老年医学 |
| 7 | 普通外科学 |
| 8 | 儿科麻醉学 |
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