华西医院实验医学科参照国际先进医学实验室管理模式与行业质量控制国际标准组建，历经三次组织架构改革，现设有临床生化实验室、临床检验与血液实验室、临床微生物实验室、临床免疫实验室、临床分子诊断实验室、应急普检实验室6个亚专业实验室。作为国内开展临床检测项目最多、标本检测量最大、检测技术最先进的实验医学中心之一，科室已开展600余项实验检测项目，平均每日检测标本超2.0万份，华西检验医学中心更是日检测样本量达3万余份，开展检测项目1000余项。

在质量管理方面，科室以ISO 15189和美国病理家协会（CAP）质量管理体系为基础，结合我国《临床实验室管理办法》，建立了全面的临床医学检验质量管理体系。2006年成为国内首家整体通过美国CAP医学实验室认可的临床医学实验中心，连续7次通过复审，并于2024年依据新版标准获得CNAS ISO 15189认可。室内质控覆盖率达99.98%，卫生部临床检验中心室间质评项目合格率平均97%，CAP室间质评项目覆盖率平均89.6%、合格率97.41%。同时，科室通过自动化分析流水线、智能化LIS系统与HIS系统联网等先进手段，实现了全程质量控制与高效服务。

科室学术地位突出，是国家卫生部临床重点检验专科、国家医学检验临床医学研究中心核心单位、四川省医学检验临床医学研究中心等多个重要平台的依托单位，在复旦大学中国最佳医院排行榜检验专科综合排名位列前三。中心实行“系科合一”管理模式，构建了本硕博-博士后-毕业后规范化培训-进修培训-青年员工培训的“贯通式”多层次人才培养体系，与美国哈佛医学院等国际知名机构建立长期合作，近五年承担国家/省市级项目160余项，发表文章800余篇，牵头或参与制定20余项国家级行业标准，荣获多项科技奖项。

科室现有专业检验人员245人（实验医学科188人），硕士以上学历超60%，高级职称超20%，其中国家级人才12人，70多人次在各级专业委员会任职或担任专业期刊编委，师资力量雄厚。

2004年基地建立至今，科室已接收全国183名规范化培训技师，华西实验医学科以夯实临床技能为基础，以加强医疗卫生人才队伍建设、提高医疗卫生工作质量和水平为目标，为医学检验技术毕业生成长为合格临床检验技师提供支撑平台。